Zagrożenia środowiska leśnego można podzielić na trzy zasadnicze grupy: abiotyczne, biotyczne i antropogeniczne.

Z grupy zagrożeń abiotycznych na terenie Nadleśnictwa Kaczory największe znaczenie mają silne, wywalające wiatry, przymrozki wczesne i późne, okresowo występujące susze oraz okiść. Gwałtowne wiatry wieją przeważnie w okresie wczesnej wiosny i późnej jesieni, a powodowane przez nie uszkodzenia mają w większości charakter pojedynczych złomów i wywrotów; rzadko zniszczeniu ulegają całe drzewostany. W wyniku przymrozków cierpią głównie młode uprawy gatunków liściastych. Groźne są przymrozki późne (wiosenne), powodujące często zmrażanie pędów dębów, buka i świerka. Mniej groźne są przymrozki wczesne (jesienne). Deficyt wilgoci powodowany długotrwałym brakiem opadów w okresie wczesnowiosennym i letnim jest jedną z głównych przyczyn słabnięcia i obumierania sadzonek w nowo założonych uprawach. W starszych drzewostanach, w czasie suszy cierpi głównie świerk i buk. Świerk negatywnie reaguje również na wahania poziomu wód gruntowych. W okresach tych zdecydowanie zwiększa się również zagrożenie pożarowe. Innym zagrożeniem abiotycznym może być okiść. Uszkodzeniom pod wpływem mokrego, ciężkiego śniegu ulegają przeważnie pojedyncze drzewa i grupy drzew, ale mogą się zdarzyć też szkody obejmujące większe powierzchnie.

Spośród czynników biotycznych największym zagrożeniem dla lasów Nadleśnictwa Kaczory mogą być gradacje pierwotnych i wtórnych szkodników owadzich, występowanie grzybów pasożytniczych oraz zagrożenie ze strony ssaków roślinożernych.

Ze szkodników pierwotnych lasom Nadleśnictwa najczęściej zagrażają brudnica mniszka, smolik znaczony i strzygonia choinówka, a ze szkodników wtórnych kornik drukarz, kornik ostrozębny, kornik modrzewiowiec, cetyńce i przypłaszczek granatek. W Nadleśnictwie odnotowano również szkody od susówki dębowej i mszycy bukowej. Występowały również szkodniki nękające: hurmak olchowiec, jesionowce, opiętki, sieciech niegłębek i zmienniki, wyrnnik dębowiec oraz piędzik przedzimek i inne miernikowce.

Po analizie wieloletnich danych w zakresie ilości wystąpień, zsumowanej wartości zagrożeń oraz ilości przeprowadzonych zabiegów zwalczania foliofagów Zespół Ochrony Lasu w Szczecinku określił zasięg ognisk gradacyjnych szkodników pierwotnych sosny na powierzchni 1 974,90 ha.

Pasożytnicze grzyby występują przeważnie na gruntach porolnych. Zalesienia porolne wyodrębniono na 5 377,58 ha, to jest na 34,40% powierzchni gruntów zalesionych. Najczęściej występującymi patogenami grzybowymi są korzeniowiec wieloletni, opieńkowa zgnilizna korzeni, osutka sosny i modrzewia, skrętak sosny, rdza na igłach i liściach, mączniak dębu, szara pleśń, plamistość liści i grzyby zgorzelowe.

Duże znaczenie mają również ssaki roślinożerne. Uszkodzenia w postaci spałowania młodników i zgryzania upraw występują dość często i mają bezpośredni wpływ na jakość hodowlaną tych drzewostanów. W Nadleśnictwie Kaczory odnotowano występowanie szkód od jeleni, saren, łosi i dzików. Uszkodzenia w drzewostanach rosnących wzdłuż cieków wodnych powstają w wyniku żerowania bobrów.

W latach 2019-2022 Nadleśnictwo odnotowywało występowanie jemioły na gatunkach iglastych. Notowany jest sukcesywny wzrost areału drzewostanów opanowanych przez tego półpasożyta.

Z czynników antropogenicznych tutejszym lasom zagrażają: zanieczyszczenia powietrza, wód i gleb, niewłaściwa gospodarka odpadami, pożary oraz zagrożenia wynikające z bezpośredniego, negatywnego oddziaływania człowieka na lasy. Uciążliwym problemem dla nadleśnictwa jest wywożenie śmieci na tereny leśne oraz zaśmiecanie lasów, szczególnie przy drogach publicznych.